του ακτινολόγου στη Θεσσαλονίκη και το 1978 μετεγκαταστάθηκε στην Αθήνα.
Πήρε μέρος στην Αντίσταση ως στέλεχος της ΕΠΟΝ στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Για την πολιτική του δράση στο φοιτητικό κίνημα φυλακίστηκε στο διάστημα 1948-1951, ενώ το 1949 καταδικάστηκε σε θάνατο από έκτακτο στρατοδικείο.
Εμφανίστηκε στη λογοτεχνία το 1942 από το περιοδικό «Πειραϊκά Γράμματα». Εκτελώντας χρέη και αρχισυντάκτη, το 1944 συνεργάστηκε με το φοιτητικό περιοδικό «Ξεκίνημα» (1944), πόλο συσπείρωσης των προοδευτικών νέων λογοτεχνών της πόλης, και το 1945 εξέδωσε με δικά του έξοδα την πρώτη του ποιητική συλλογή με τίτλο «Εποχές». Αν και προχώρησε στην έκδοση μιας σειράς ποιητικών συλλογών τις επόμενες δεκαετίες, θα έπρεπε να περιμένει ως το 1979, σχεδόν 35 χρόνια μετά την πρώτη έκδοση του βιβλίου του, ώστε να δει να τυπώνεται η συγκεντρωτική έκδοση των ποιημάτων του χωρίς δικά του έξοδα.
Δημοσίευσε ποιήματα και κριτικά σημειώματα σε πολλά περιοδικά, ενώ είχε και πυκνή παρουσία στην εφημερίδα «Αυγή», με κείμενα για θέματα λογοτεχνικά και πολιτικά. Εξέδωσε το περιοδικό «Κριτική» (Θεσσαλονίκη, 1959-1961), υπήρξε μέλος της εκδοτικής ομάδας των «Δεκαοκτώ κειμένων» (1970), των «Νέων Κειμένων» και του περιοδικού «Η Συνέχεια» (1973).
Τα ποιήματα που ο Μανώλης Αναγνωστάκης άφησε πίσω του δημοσιευμένα είναι 88 και γράφτηκαν από το 1941 έως το 1971. Από το 1979 που κυκλοφόρησε ο συγκεντρωτικός τόμος των ποιημάτων του, και από το 1983 που κυκλοφόρησε ιδιωτικά το αυτοβιογραφικό σχόλιο «Y.Γ.» δεν υπήρξε καμία δημόσια παρέμβασή του.
«Στο αλλοιωμένο τοπίο της εποχής μας δεν θα ξαναγράψω», είχε ξεκαθαρίσει, γιατί «το έργο μου το ολοκλήρωσα. Επιλέγω τη σιωπή». Ίσως επειδή, όπως είχε πει σε μία από τις σπάνιες συνεντεύξεις του, «η ποίηση είναι έργο της νεότητας. Χρειάζεται ενθουσιασμό, αυταπάτες, ψευδαισθήσεις. Αυτά τα έχουν οι νέοι. Όσο μεγαλώνεις, κατέχεις καλύτερα τα μέσα σου. Γίνεσαι τεχνίτης, αλλά ένα ποίημα δεν χρειάζεται να είναι τέλειο για να είναι καλό».
Ο Αναγνωστάκης είχε προαναγγείλει τη σιωπή του με τους στίχους:
Το θέμα είναι τώρα τι λες. Καλά φάγαμε, καλά ήπιαμε. Καλά τη φέραμε τη ζωή μας ως εδώ. Μικροζημίες και μικροκέρδη συμψηφίζοντας. Το θέμα είναι τώρα τι λες. (Στόχος, 1970) ”
Ποιήματά του μεταφράστηκαν στα αγγλικά, γαλλικά, γερμανικά, ιταλικά, ενώ μελοποιήθηκαν από συνθέτες, όπως ο Μίκης Θεοδωράκης, ο Θάνος Μικρούτσικος, ο Μιχάλης Γρηγορίου, ο Γιάννης Μαρκόπουλος και ο Δημήτρης Παπαδημητρίου. Τιμήθηκε με το Κρατικό Βραβείο Ποίησης (1986) και το Μεγάλο Βραβείο Λογοτεχνίας (2002), ενώ αναγορεύτηκε επίτιμος διδάκτορας του πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
Το πιο γνωστό του ποίημα ήταν το Μιλώ που μελοποίησε ο Μίκης Θεοδωράκης.
Η ποίηση του Μανώλη Αναγνωστάκη δεν είναι απαισιόδοξη. Όσο κι αν οι στίχοι του φτάνουν κάποτε στην απελπισία, στο βάθος του ορίζοντα διακρίνεται ένα φως που μοιάζει περισσότερο με την αναλαμπή της αυγής και λιγότερο με το λυκόφως. Η δύναμη του ποιητικού του έργου, υπερβαίνοντα τις κομματικές ταμπέλες, κατάφερε να εκφράσει την αβεβαιότητα, την αποξένωση, αλλά και τις ελπίδες μιας ολόκληρης εποχής.
Έφυγε από τη ζωή τα ξημερώματα της 23ης Ιουνίου του 2005, καταβεβλημένος από χρόνια αναπνευστικά και καρδιαγγειακά προβλήματα.