Παράλληλα, υπήρξε και ο σημαντικότερος ιστορικός του σύγχρονου Πόντου. Υπήρξε ο πρώτος Έλληνας ιστορικός που μελέτησε τα αυστριακά και γερμανικά αρχεία που αφορούσαν την περίοδο 1909-1918, όπου τα τραγικά γεγονότα της Ανατολής και ειδικώτερα του Πόντου, όπως και ο γενοκτονικός σχεδιασμός των Νεότουρκων εθνικιστών, αποκαλύπτονταν αβίαστα μέσα από αυτά .
Στο συλλογικό έργο “Tο τραύμα και οι πολιτικές της Μνήμης. Ενδεικτικές όψεις των συμβολικών πολέμων για την Ιστορία και τη Μνήμη” είχα γράψειγια τη σημασία του έργου του αλλά και της μαρτυρίας του για τον τρόπο που οι ελλαδικές κυβερνήσεις αντιμετώπισαν την προσφυγική Μνήμη: “Ο πρώτος ιστορικός που προσπάθησε να μελετήσει τα αρχεία για εκείνα τα πολιτικά γεγονότα, που αφορούσαν τις γενοκτονίες των ελληνικών πληθυσμών στη Μικρά Ασία, ήταν ο Πολυχρόνης Ενεπεκίδης, καθηγητής στο πανεπιστήμιο της Βιέννης. Χαρακτηριστική είναι η αντιμετώπισή του από τις ελληνικές αρχές, όταν προσπάθησε να μελετήσει τα γερμανοαυστριακά αρχεία που αφορούσαν την περίοδο 1908-1918.
Ο ίδιος περιγράφει ως εξής την εμπειρία του: «Όταν το 1958-59 καθώς πραγματοποιούσα την έρευνα στα επίσημα αυστριακά αρχεία που μόλις είχαν παραδοθεί στους ερευνητές και είχα συναντήσει πλήθος εγγράφων που αφορούσαν τις βιαιοπραγίες κατά του ελληνικού πληθυσμού, ο τότε υπουργός Εξωτερικών της Αυστρίας Κουρτ Βαλτχάιμ και αργότερα γενικός γραμματέας του Οργανισμού Ηνωμένων Εθνών και πρόεδρος της Αυστρίας με ενημέρωσε ότι δύο επιφανείς Ελληνες πολιτικοί, με παρέμβασή τους, ζητούσαν την απαγόρευση της έρευνας. Αυτοί, το αποκαλύπτω τώρα, ήταν ο τότε υπουργός Εξωτερικών Ευάγγελος Αβέρωφ και ο Παναγιώτης Πιπινέλης. Το σκεπτικό ήταν ότι η δημοσίευση αυτών των στοιχείων στην Ελλάδα θα μπορούσε να προκαλέσει εμπλοκή στις ελληνοτουρκικές σχέσεις.»
[Η μαρτυρία αυτή του Ενεπεκίδη κατατέθηκε δημόσια, κατά την παρουσίαση του περιοδικού «Ε-Ιστορικά», που πραγματοποιήθηκε στην κατάμεστη αίθουσα του Συλλόγου Ποντίων «Αργοναύται-Κομνηνοί», στην Καλλιθέα, στο πλαίσιο της εκδήλωσης που συνδιοργάνωσαν η «Ελευθεροτυπία» και η Ομοσπονδία Ποντιακών Σωματείων Νότιας Ελλάδας (Ανταπόκριση Γιώργου Κιούση,Ελευθεροτυπία,Νοέμβριος 2002)].”
Συμμετείχε στις προσπάθειες για την διεθνή αναγνώριση της Γενοκτονίας, έλαβε μέρος στο συνέδριο που διοργανώθηκε τον Ιούνιο του 1998 στη Νέα Υόρκη και συμμετείχε στην επιτροπή ιστορικών που συνέταξε ένα Υπόμνημα που κατατέθηκε στον ΟΗΕ. Λίγα χρόνια πριν , το 1996, είχε αντέξει μαζί μας ένα δύσκολο ταξίδι στις ελληνικές κοινότητες της πρώην Σοβιετικ’ής Ένωσης, δίνοντας διαλέξεις σε πανεπιστήμια που διψούσαν για την γνώση που κόμιζε ο ευπατρίδης Ενεπεκίδης. Ο ποντιακός χώρος
Ο οργανωμένος ποντιακός χώρος δεν αξιοποίησε τον Ενεπεκίδη όπως θα έπρεπε. Πρέπει να αναγνωρίσουμε ότι η ΠΟΠΣ ήταν η μόνη οργάνωση που και τον αξιοποίησε και τον τίμησε, όπως και οι Αργοναύτες-Κομνηνοί της Αθήνας. Όμως αυτή η παράδοση δεν συνεχίστηκε από τη νέα ομοσπονδία, την ΠΟΕ, παρόλες τις προσπάθειες και τις προτάσεις που κατά καιρούς καταθέταμε στα αρμόδια όργανα. Το παράδοξο ήταν ότι ούτε και τα μέλη της Ευξείνου Λέσχης είχαν συνηγορήσει με το αίτημα προβολής και αναγνώρισης του Ενεπεκίδη, παρόλο που ο σύλλογός τους είχε εκδόσει το σημαντικότερο ίσως έργο για τη Γενοκτονία: Πολυχρόνης Κ. Ενεπεκίδης, Γενοκτονία στον Εύξεινο Πόντο. Διπλωματικά Έγγραφα από τη Βιέννη (1909-1918), Θεσσαλονίκη, έκδ. Εύξεινος Λέσχη Θεσσαλονίκης, 1995. Ένα έργο που εξ αρχής θα έπρεπε να είχε προβληθεί και να είχε γίνει σημαία της ενδοεθνικής, όσο και διεθνούς προσπάθειας για αναγνώριση της Γενοκτονίας. Και αυτό γιατί ο τρόπος γραφής του Ενεπεκίδη ήταν αξεπέραστος. Οξύνους ο ίδιος και βαθύς γνώστης της γερμανικής μεθοδολογίας έγραφε με τρόπο αυστηρά επιστημονικό, χωρίς να επιτρέπει στον υποκειμενισμό ή τον συναισθηματισμό να παρεισφρύσει στο επιστημονικό του έργο.
Όσον αφορά τον παραγκωνισμό του, είναι γνωστό ότι κάποιοι επιφανείς ιστορικοί -φίλοι της Ευξείνου Λέσχης- που είχαν ασχοληθεί με το ζήτημα της Γενοκτονίας και είχαν μελετήσει τα ίδια αρχεία, που χρόνια πριν είχε μελετήσει και δημοσιεύσει ο Ενεπεκίδης, τον υπονόμευσαν με κάθε τρόπο. Η συμπεριφορά αυτή είχε προκαλέσει την οργή του ιδίου και τη δημόσια αναφορά προς τα πρόσωπα που θεώρησε ότι φέρθηκαν αντιδεοντολογικά και παραβίασαν βασικούς κανόνες της ιστοριογραφίας περί σεβασμού και αναφοράς των πρωτοπόρων ερευνητών από αυτούς που ακολουθούν και συνεχίζουν το έργο τους.
H πρώτη έντυπη παρουσίαση, το 1962, των αρχειακών δεδομένων που εντοπίστηκαν την περίοδο 1958-59 και πιστοποιούσαν την ύπαρξη γενοκτονικού σχεδίου, ήταν το ανάτυπο της ομιλίας του Πολυχρόνη Ενεπεκίδη στο Σύλλογο Αργοναύται-Κομνηνοί με τίτλο “Οι διωγμοί των Ελλήνων του Πόντου (1908-1918). Βάσει των ανεκδότων εγγράφων των κρατικών αρχείων της Αυστροουγγαρίας“. Το 1995 θα εκδοθεί από την Εύξεινο Λέσχη Θεσσαλονίκης σε πληρέστερη μορφή, ως μονογραφία, η εργασία του με τίτλο: “Γενοκτονία στον Εύξεινο Πόντο. Διπλωματικά Έγγραφα από τη Βιέννη (1909-1918)“
Χαρακτηριστικό μιας όχι φιλικής συμπεριφοράς, υπήρξε η μη αξιοποίηση του Ενεπεκίδη κατά τη διαδικασία ανάθεσης του έργου συγγραφής της ιστορίας της Γενοκτονίας από τη Βουλή των Ελλήνων το 1994. Είχα γράψει γι αυτόν τον προσβλητικό και αντιπαραγωγικό παραγκωνισμό του Ενεπεκίδητα εξής: “Εάν κάποιος ήθελε ειλικρινά, εκείνη τη στιγμή, να δημιουργηθεί ένα σοβαρό έργο που θα πρόβαλε παντού τη γενοκτονία: α) θα έφτιαχνε την καλύτερη επιστημονική ομάδα, β) θα ανέθετε το συντονισμό της στο μεγαλύτερης διεθνούς φήμης καθηγητή που διέθετε γ) θα προσπαθούσε μέσα στα χρονικά όρια που όριζε η ανάθεση του έργου να κινηθεί για να κερδίσει χρόνο και ευκαιρίες.
Ο μόνος διεθνούς εμβέλειας Πόντιος ιστορικός που υπήρχε τότε ήταν ο Πολυχρόνης Ενεπεκίδης -καθηγητής στο Πανεπιστήμιο της Βιέννης- που είχε μελετήσει και δημοσιεύσει τα γερμανοαυστριακά αρχεία από το ‘58. Όμως στη συγκεκριμένη περίπτωση έγινε, για άλλη μια φορά, το ανάποδο. Αγνοήθηκε και ο Ενεπεκίδης και όλοι οι υπόλοιποι πρωτοβάθμιοι Πόντιοι καθηγητές, καθώς και οι άλλοι ερευνητές των σχετικών αρχείων, που θα έδιναν το μέγιστο κύρος στο έργο… Το έργο παραδόθηκε αρκετά χρόνια μετά τις προϋποθέσεις που έθετε η ανάθεση. Δηλαδή, υπήρξαν -αναιτίως σύμφωνα με την εκτίμησή μου- χαμένα χρόνια για την επίσημη καταγραφή και τη διεθνή προβολή της γενοκτονίας.... ”
Ήταν πολυγραφότατος και το πνεύμα του ανήσυχο. Το βιογραφικό του πλουσιότατο: “Γεννημένος στις 12 Ιουνίου 1917 στην Αμισό του Πόντου, ο Πολυχρόνης Ενεπεκίδης σπούδασε φιλολογία και ιστορία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, για να μετεκπαιδευτεί στα Πανεπιστήμια Παρισιού και Βιέννης, όπου αναγορεύτηκε διδάκτορας, αναλαμβάνοντας αργότερα υφηγητής και το 1960 καθηγητής στην έδρα Βυζαντινών και Νεοελληνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Βιέννης, όπου από το 1974 έως το 1992 που συνταξιοδοτήθηκε, προΐστατο του Ινστιτούτου Βυζαντινών Σπουδών.
Ασχολήθηκε ιδιαίτερα με την ιστορική έρευνα σε αρχεία και βιβλιοθήκες της Αυστρίας, της Γαλλίας, της Γερμανίας, της Ελλάδας, της Ελβετίας, της Ιταλίας, της Βρετανίας και της Ουγγαρίας, ενώ υπήρξε δημοφιλής ομιλητής με τις δεκάδες των διαλέξεών του στην Ελλάδα και σε πόλεις της Ευρώπης, των ΗΠΑ και της Αυστραλίας.
Με τις επιστημονικές του έρευνες ευρωπαϊκών αρχείων και συλλογών χειρόγραφων, θεωρείται, ότι προσπάθησε να απομυθοποιήσει τη νεότερη Ελληνική ιστορία και να την απαλλάξει από διαστρεβλώσεις.
Συνεργάστηκε με γνωστά έντυπα στην Ελλάδα, κυρίως με τις εφημερίδες «Το Βήμα», «Καθημερινή», «Μακεδονία». Από το 1955 ήταν μέλος της Ενωσης Ανταποκριτών Ξένου Τύπου στη Βιέννη και έτυχε πολλών τιμητικών διακρίσεων.
Κυριότερα έργα του υπήρξαν «Η δόξα και ο Διχασμός. Από τα μυστικά αρχεία Βιέννης, Βερολίνου και Βέρνης, 1908-1918», «Η Βασιλική ανταρσία 1916-1918»,«Οι διωγμοί των Ελλήνων του Πόντου (1908-1918), «Η Ελληνική Αντίστασις 1941-1944», «Οι διωγμοί των Εβραίων εν Ελλάδι 1941-1944, «Αθηναϊκά, αττικοβοιωτικά, δωδεκανησιακά 1815-1980», «Εθνική συνείδηση των Μακεδόνων και των Βορειοηπειρωτών της Αυστροουγγαρίας».
Επίσης, μεταξύ των πιο πρόσφατων έργων του συγκαταλέγονται: «Η Ελλάδα, τα νησιά και η Μικρά Ασία του Καρόλου Κρουμπάχερ», «Γενοκτονία στον Εύξεινο Πόντο. Διπλωματικά Έγγραφα από τη Βιέννη (1909-1918)», «Κύπρος 1800-1878», «Μικρασιατικά, κρητικά, ηπειρωτικά 1816-1931», «Γράμματα προς τη Βιέννη 1824-1843», «Εξέγερση στην Κύπρο το 1931».
Στην Biblionet υπάρχει η εξής αναφοράγια το έργο του Πολυχρόνη Ενεπεκίδη:
Ο καθηγητής του Πανεπιστημίου της Βιέννης κ. Π. Ενεπεκίδης τείνει με τις έρευνές του να απομυθοποιήσει τη νεωτέρα ιστορία του ελληνικού λαού. Εσπούδασε στα πανεπιστήμια Αθηνών, Βιέννης και Παρισίων και αφιερώθηκε από νωρίς στην εξονυχιστική έρευνα των ευρωπαϊκών αρχείων και των χειρογράφων συλλογών, για να απαλλάξει την ελληνική ιστορία από τις εσκεμμένες διαστρεβλώσεις και τις ανεξέλεγκτες παραδόσεις. Ένας Γερμανός κριτικός των έργων του έγραψε ότι ο καθηγητής Ενεπεκίδης ανευρίσκει με υπνοβατική ασφάλεια αυτό που θέλει και που είναι αυτό που λείπει. Οι γλαφυρές του διαλέξεις στην Ελλάδα και σχεδόν σε όλες τις ευρωπαϊκές πρωτεύουσες καθώς και στις μεγάλες πόλεις των Ηνωμένων Πολιτειών της Β. Αμερικής και της Αυστραλίας δημιούργησαν ένα νέο τρόπο επικοινωνίας του επιστήμονα με το μεγάλο κοινό: χωρίς να νοθεύεται η νέα ιστορική γνώση επιστρέφεται στο λαό που εδημιούργησε αυτός τα γεγονότα.
Τίτλοι στη βάση Βιβλιονέτ
(2007) Γράμματα προς τη Βιέννη 1824-1843, Ωκεανίδα
(2001) Μικρασιατικά, κρητικά, ηπειρωτικά 1816-1931, Εκδοτικός Οίκος Α. Α. Λιβάνη
(2000) Κύπρος 1800-1878, Ζαχαρόπουλος Σ. Ι.
(1997) Αρχιπέλαγος, Βιβλιοπωλείον της Εστίας
(1996) Το ολοκαύτωμα των Εβραίων της Ελλάδος 1941-1944,
Βιβλιοπωλείον της Εστίας
(1993) Εθνική συνείδηση των Μακεδόνων και των Βορειοηπειρωτών
της Αυστροουγγαρίας, Μαλλιάρης Παιδεία
(1992) Η δόξα και ο διχασμός, Ζαχαρόπουλος Σ. Ι.
(1991) Αθηναϊκά, Αττικοβοιωτικά, Δωδεκανησιακά, Ωκεανίδα
(1989) Τραπεζούντα, Κωνσταντινούπολη, Σμύρνη 1800-1923, Ωκεανίδα
(1988) Η Θεσσαλονίκη στα χρόνια 1875-1912, Κυριακίδη Αφοί
(1984) Μακεδονικές πόλεις και οικογένειες 1750-1930, Βιβλιοπωλείον της Εστίας
(1972) Ιωάννης Καποδίστριας, Εκδόσεις Παπαζήση
(1971) Χρηστομάνος, Βικέλας, Παπαδιαμάντης, Εκδόσεις Παπαζήση
(1969) Αλέξανδρος Υψηλάντης, Εκδόσεις Παπαζήση
(1969) Οι διωγμοί των Εβραίων εν Ελλάδι, Εκδόσεις Παπαζήση
(1967) Κοραής – Κούμας – Κάλβος, Βιβλιοπωλείον της Εστίας
(1965) Ρήγας – Υψηλάντης – Καποδίστριας, Βιβλιοπωλείον της Εστίας